В настоящее время согласно Постановления Правительства РФ № 717 от 13.09.2010 г. и приказа Росприроднадзора № 311 от 20.10.2010 г. полномочиями администратора доходов федерального бюджета по плате за негативное воздействие на окружающую среду наделены только территориальные Управления Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Росприроднадзор).
Заполненный расчет платы прошитый, пронумерованный, скрепленный печатью нужно сдавать в территориальные органы Росприроднадзора по месту нахождения стационарного объекта негативного воздействия и месту государственной регистрации передвижного загрязняющего объекта. В те же территориальные органы Росприроднадзора осуществляется плата на НВОС в соответствии с представленными Расчетами платы отдельными платежными поручениями по каждому КБК.
Таким образом, если организация имеет несколько источников загрязнения окружающей среды в разных субъектах Российской Федерации, то по каждому субъекту нужно сдать отдельный расчет платы. При эксплуатации нескольких объектов загрязнения на территории одного субъекта плата по ним отражается в едином расчете. Однако лист расчета суммы платежа, подлежащей уплате в бюджет, заполняется отдельно по каждому муниципальному образованию (ОКТМО муниципального образования).